Фамилия Жужгинова — русская, и её основа, скорее всего, восходит к прозвищу или мирскому имени, связанному с глаголом «жужжать». Модель образования типична: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть «жена или дочь Жужгина», а мужская форма — Жужгин. Это отчество от прозвища Жужга.

Прозвище Жужга могли дать человеку с негромкой, монотонной речью или тому, кто постоянно что-то бормотал и «жужжал» над ухом. В русских говорах слово «жужга» фиксируется и в других значениях: так называли непоседливого, суетливого человека, а также юлу или кубарь (игрушку-волчок). В этом случае прозвище могло указывать на подвижный, беспокойный характер предка.

Географически фамилия редкая. Встречается она преимущественно в северных и центральных областях России, в частности в Вологодской и Кировской областях. По данным переписей, носители фамилии Жужгины — это в основном крестьяне и мещане. Встречается вариант написания с «о» — Жожгин, что могло возникнуть из-за акающего произношения, но основной корень остаётся тем же.

В ономастических работах Б. Унбегауна и В. Никонова фамилии с основой «жужж-» относятся к группе прозвищных, образованных от звукоподражательных глаголов. Это не уникальный случай: есть фамилии Жужлев, Жужлов, Жужунов, но Жужгин стоит особняком из-за суффикса -г-, который придаёт основе более грубоватый, простонародный оттенок. Иными словами, предок носителя фамилии — не просто «жужжащий», а человек, которого в деревне звали Жужга — с оттенком фамильярности или насмешки.