Фамилия Жужуева восходит к прозвищу Жужуй, а оно — к названию союза древних кочевых племён, известных как жужани или жужуи. В раннем средневековье эти племена обитали в степях Западной Маньчжурии, Монголии и Туркестана. Само слово «жужу» (или «жуйжуи») стало этнонимом, закрепившимся за этим военным союзом. Возвышение жужаней связывают с именем Шелуня (402–410 годы), который смог сплотить разрозненные орды в единую силу. Однако союз оказался непрочным и впоследствии распался. Часть жужаней ассимилировали тюрки и другие народы, а другая часть — около тридцати тысяч шатров — откочевала далеко на запад, осев на Среднем Дунае, где их следы прослеживаются вплоть до IX века. Вероятно, основатель рода Жужуевых был выходцем из этого племенного круга, и прозвище Жужуй указывало на его этническое происхождение. Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или йот: от Жужуй — Жужуев. Такое словообразование типично для фамилий, возникших из прозвищ, и закрепляло за человеком память о его корнях. Встречается эта фамилия преимущественно в регионах, где исторически был силён тюркский и монгольский субстрат, — на Северном Кавказе, в Поволжье и Западной Сибири.