Фамилия Зиганиди — редкий пример фамилии, корни которой уходят в географию Восточного Причерноморья. Её основа, скорее всего, связана с названием горного хребта Зигана (также Зегани, Зиганеон), входящего в систему Восточно-Понтийских гор на севере Турции. Эта цепь тянется параллельно черноморскому побережью — от реки Мелет на западе до реки Чорух на востоке. Само название хребта, по одной из версий, восходит к древнегреческому слову со значением «холм» или «возвышенное место». Таким образом, прозвище Зиган могли дать человеку, жившему у этих гор, перешедшему через перевал или родом из тех мест.

Суффикс -иди (в русской передаче часто -иди) — типичный греческий патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». В фамилиях греков Причерноморья и Малой Азии он встречается очень часто (например, Хрисохоиди, Мавриди, Иоанниди). Фамилия Зиганиди, таким образом, буквально означает «потомок Зигана». Это прямо указывает, что предок носителя фамилии носил прозвище или личное имя Зиган, которое затем закрепилось за родом.

Впрочем, есть и вторая версия происхождения основы. В тюркских языках встречается мужское имя Зиган, которое, вероятно, не связано с греческим названием горы, а является фонетическим вариантом персидского имени Джиган — «Вселенная». Если принять эту гипотезу, фамилия Зиганиди образована от личного имени, а не от топонима. Правдоподобность обеих версий примерно равна: обе отражают сложный этнический и языковой фон региона, где веками пересекались греческие, тюркские и персидские влияния. Выбор между ними зависит от того, какую именно семейную историю удастся проследить конкретным носителям фамилии.

Фамилия Зиганиди — греческого происхождения, и её носители — потомки понтийских греков, которые после событий начала XX века оказались в Греции, на юге России, в Грузии или в других странах расселения. Встречаемость фамилии крайне невысока, что делает её ярким маркером принадлежности к определённой субэтнической группе и конкретному региону.