Фамилия Зиганина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Зиганин. А та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Зиганя с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — «Зиганин сын»).

Самая вероятная основа — «зига» или «зиган». В русских говорах слово «зига» имело несколько значений. В вятских и пермских говорах так называли бойкого, вертлявого человека, непоседу. В других диалектах «зига» — это задира, сварливый человек, а также прозвище того, кто любит «зигать» — то есть кричать, шуметь или, в некоторых областях, быстро бегать. Таким образом, прозвище Зиганя могли дать человеку с живым, беспокойным или вздорным характером.

Существует и тюркская версия. В татарском и башкирском языках есть имя Зиган, которое восходит к персидскому «зиган» — «богатый», «знатный». В Поволжье и Приуралье русские фамилии нередко возникали на основе тюркских имен, особенно в среде крестьян, контактировавших с местным населением. Фамилия Зиганин могла принадлежать потомку человека, которого в документах записали как Зиганя, а это имя ему дали по отцу или по прозвищу, связанному с достатком.

Географически фамилия Зиганина встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также в Зауралье. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — в дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется.

Таким образом, Зиганина — это фамилия, корни которой лежат либо в русской диалектной лексике (прозвище по характеру), либо в тюркском именослове (личное имя со значением «богатый»). Обе версии имеют право на существование, и для конкретного носителя фамилии ответ может дать только семейное предание или региональная история рода.