Фамилия Зиганшины образована от татарского имени Зиганша — сложносоставного, как и многие мусульманские имена. Первая часть имени восходит к «Зигат» (святой, чистый), вторая — к «Ганиша» или «Ганишах», где «Гани» означает «очень богатый, состоятельный», а «шах» — «правитель». Таким образом, имя Зиганша можно толковать как «святой и богатый правитель».

Модель образования фамилии — классическая русская патронимическая форма на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Зиганшин — это «сын Зиганши», «из рода Зиганши». Такая модель типична для фамилий, образованных от имен, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный, и широко распространена в Поволжье, где русская ономастическая традиция смешивалась с тюркской.

Сам род Зиганшиных, скорее всего, имеет тюркские корни, уходящие в XV–XVII века. В тот период выходцы из Золотой Орды, печенеги и половцы активно вливались в состав русского дворянства и служилого сословия. Многие нерусские по происхождению дворяне получали фамилии именно по имени родоначальника, поэтому фамилия Зиганшин — не исключение, а часть широкого пласта фамилий восточного происхождения в России.

Существует и альтернативная, но малоправдоподобная версия, связывающая фамилию с русским словом «згайный» (плохой, дрянной). Она не выдерживает критики: во-первых, имя Зиганша задокументировано в татарской антропонимике, во-вторых, семантика «плохого» редко ложится в основу родового прозвания. Поэтому версия о тюркском происхождении от имени Зиганша — основная и подтверждённая восточным именем родоначальника.

Географически Зиганшины чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане и соседних регионах — там, где столетиями соседствовали русские и тюркские народы. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века эту фамилию нередко записывали с вариантами ударения и написания: Зиганшин, Зиганшина, иногда Зиганшев, — но корень оставался неизменным.