Фамилия Зиганшина — одна из тех, что не оставляют сомнений в своём происхождении. Она образована от мужского личного имени Зиганша, а тот, в свою очередь, — типичный образец сложения двух основ, принятого в мусульманской ономастике. Первая часть, «Зигат», восходит к арабскому корню со значением «святой, чистый». Вторая часть — «Ганиша» или «Ганишах»: здесь «Гани» означает «очень богатый, состоятельный», а «шах» — «правитель». В сумме имя Зиганша можно истолковать как «святой правитель» или «чистый владыка», что звучало как пожелание высших духовных и мирских качеств.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Зиганшина — буквально «дочь (или жена) Зиганши». В русской традиции такие фамилии закрепились у татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Приуралья, где исламские имена адаптировались к местной грамматике. Сословных ограничений у фамилии не было — её могли носить и крестьяне, и купцы, и духовные лица, если в роду было имя Зиганша.

Иногда в любительских словарях встречается попытка связать фамилию с русским словом «згайный» (то есть «плохой, дрянной»). Эта версия выглядит натянутой: во-первых, слово «згайный» — редкий диалектизм, почти не встречающийся в письменных источниках; во-вторых, фамилия Зиганшина устойчиво бытует именно в татаро-башкирской среде, где её арабская основа очевидна носителям языка. Поэтому версию о «згайном» происхождении стоит отнести к разряду курьёзов.

Поскольку фамилия образована от личного имени, а не от прозвища или ремесла, её география широка: Зиганшины встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской, Челябинской, Самарской областях и в диаспорах за пределами России. Точное время возникновения рода можно установить только по архивным документам, но по модели образования фамилия относится к позднему средневековью — Новому времени, когда у татар начали массово закрепляться родовые именования.