Фамилия Зишко звучит нестандартно для русского уха — и это главная зацепка. Типичные русские фамилии на -ко (вроде Шевченко, Коваленко) тяготеют к украинской модели, но Зишко явно стоит особняком. Сразу бросается в глаза редкий суффикс -ишк-, который в славянских языках чаще всего имеет уменьшительно-уничижительный оттенок. Однако в фамилиях он почти не встречается, что заставляет искать другое объяснение.

Вероятнее всего, перед нами фамилия польского или западно-белорусского происхождения. В польском языке суффикс -iszko (-ишко) — обычный способ образования уменьшительных форм от имён. Например, от имени Ян (Jan) образуется Янишко (Janiszko), от Станислав — Станишко. Зишко, скорее всего, пошло от имени Зигмунд (Zygmunt) или Здзислав (Zdzisław): сокращённая основа «Зиш-» плюс типичный польский суффикс. То есть Зишко — это уменьшительное прозвище вроде «маленький Зигмунд» или «Зигмундик», которое потом закрепилось как фамилия.

Другая, менее вероятная версия — что основа связана с польским словом «zysk» (выгода, прибыль). Тогда Зишко могло быть прозвищем удачливого торговца или расчётливого человека. Но эта гипотеза слабее: суффикс -ишко для отыменных прозвищ в Польше встречается чаще, чем для прозвищ от нарицательных слов.

Фамилия Зишко остаётся редкой и в современной России, и в Польше. Встречается в основном на территории бывшей Речи Посполитой — в западных областях Беларуси и на востоке Польши. Носители такой фамилии — потомки крестьян или мелкой шляхты, у которых прозвище по имени отца или предка со временем стало наследственным.