Фамилия Зизюн — редкий случай, когда основа слова не имеет очевидных параллелей в литературном русском языке, но хорошо вписывается в южнорусскую и украинскую диалектную лексику. Слово «зизя» или «зизюн» в говорах означает нечто болтливое, пустое, а иногда — неряшливого или суетливого человека. В украинских диалектах «зізуля» — это кукушка, но для фамилии Зизюн более вероятна связь с глаголом «зизюкати» — говорить без умолку, тараторить. Таким образом, прозвище Зизюн давали говорливому, возможно, слегка взбалмошному человеку.

Модель образования фамилии нетипична для великорусских фамилий. Суффикс -ун характерен для украинских и белорусских фамилий, образованных от глагольных основ: он указывает на деятеля, склонного к действию (ср. «брехун», «крикун», «мовчун»). Фамилия Зизюн — это украинская или южнорусская форма, которая застыла в именительном падеже без дополнительного русского суффикса -ов или -ин. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, был выходцем из чернозёмных губерний России (Курская, Воронежская, Харьковская) или с Украины, и его прозвище не стали переоформлять на русский лад.

Географически фамилия Зизюн встречается очень локально. Основные очаги — западная часть Краснодарского края, Ростовская область и юго-восток Украины. Такое распределение указывает на переселенческое происхождение: предки современных Зизюнов, вероятно, были казаками или крестьянами, которые в XVIII-XIX веках осваивали земли Приазовья и Кубани.

В дореволюционных источниках фамилию могли записывать с вариациями — Зизюн, Зезюн, Зизян — из-за неустойчивости безударных гласных в живой речи. Но корень оставался тем же: прозвище, данное за особенность речи или поведения. Никакой связи с дворянскими родами или знатным происхождением у фамилии нет — это типичная крестьянская или казачья фамилия, возникшая в среде, где меткое слово ценилось выше официального имени.