Фамилия Зюзюн — редкий пример, где прозвище стало фамилией почти без изменений, без типичных суффиксов -ов или -ин. Она образована напрямую от прозвища Зюзюн. В основе лежит диалектное слово «зюзя» — так в псковских и тверских говорах называли неряху, грязнулю, а также человека, который промок до нитки или мёрзнет. Отсюда же глагол «зюзюкать» — невнятно говорить, словно от холода. Прозвище Зюзюн могли дать либо неопрятному человеку, либо тому, кто постоянно жаловался на холод.

По модели образования фамилия Зюзюн стоит в одном ряду с такими же бессуффиксными фамилиями от прозвищ, как Шум, Крик или Гром. В русской ономастике это редкий тип: обычно прозвище обрастало суффиксом принадлежности, но здесь закрепилось в исходной форме. С точки зрения словообразования, в фамилии нет ни отчества, ни указания на профессию — она чисто прозвищная, что говорит о её древнем, возможно, ещё допетровском происхождении.

Географически фамилия тяготеет к западу России: псковские и тверские корни «зюзи» указывают, что предки носителей фамилии жили именно в этих краях. Встречается она и на Украине, но реже — там больше распространены однокоренные Зюзя и Зюзин. В отличие от них, Зюзюн сохранила редкий суффикс -юн, который в русских фамилиях встречается нечасто (сравните с фамилией Борзюн от «борзый»).

Социальный статус предков Зюзюн, скорее всего, был крестьянским: прозвища закреплялись в среде, где не было строгой фиксации имён по документам. Фамилия не указывает на знатное происхождение или принадлежность к духовенству — это бытовая характеристика, данная в кругу односельчан.