Фамилия Злагодухова — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её значение, нужно разобрать слово по частям и обратиться к истории русского языка и народной культуре.

Первая часть, «злаго-», — это не что иное, как древняя форма родительного падежа от слова «зло». В современном языке мы бы сказали «злого», а в старину говорили «злаго» (как в известном выражении «глас вопиющего в пустыне»). Вторая часть — «дух». Получается, что Злагодухов — это «злого духа» или «злой дух». То есть исходное прозвище, скорее всего, было не личным именем, а оберегом.

В древнерусской и славянской традиции существовал обычай давать детям «защитные» имена-обереги. Считалось, что если назвать ребёнка Злым Духом, то настоящая нечистая сила обойдёт его стороной — подумает, что он свой. Такие имена, как Некрас, Нелюб, Дурак, были призваны отвести от человека беду. Злагодух — из того же ряда. Это не означало, что человека считали злым или одержимым; наоборот, родители желали ему здоровья и защиты.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов-, указывающим на принадлежность: «чей?» — Злагодухов, то есть сын или потомок Злагодуха. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Злаго́духова.

Суффикс -ов- — один из самых распространённых в русских фамилиях, но основа здесь совершенно нетипична. Это не прозвище от ремесла или внешности, а редкий случай сохранения в фамилии архаичной грамматической формы (родительный падеж прилагательного мужского рода на -аго). Встретить такое в фамилиях — большая редкость.

О социальном положении носителей фамилии Злагодуховых ничего определённого сказать нельзя. Такое прозвище могло возникнуть в любой среде, где были сильны народные верования и обычаи. Скорее всего, предки были крестьянами или посадскими людьми из центральной или северной части России. Фамилия недвусмысленная, поэтому в дворянскую среду, где ценились благозвучные и «положительные» фамилии, она вряд ли попала.

Сравните с однокоренными фамилиями: Духов, Святодухов (от «святой дух»), Злобины. Злагодухов выделяется на их фоне именно своей конструкцией — не просто «злой» (как Злобин), а именно «злого духа», что подчёркивает обережный, а не описательный смысл.