Фамилия Злогодухова происходит от прозвища Злогодух, которое относится к редкой группе украинских именований, построенных по принципу «глагол в повелительном наклонении + существительное». Такие прозвища давали с иронией или для отличия человека по яркой черте характера или привычке. В украинском языке встречаются похожие примеры: Непийвода (не пей воду), Копайгора, Подопригора, Вырвиглаз, Варивода. У фамилии Злогодухова основа — словосочетание, которое буквально переводится как «роди духа». Со временем прозвище Злогодух закрепилось как наследственное имя и заменило прежнее родовое прозвище в документах, а затем легло в основу фамилии.

Словообразовательная модель типична для украинских фамилий: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Злогодухов — потомок человека по прозвищу Злагодух. Интересно, что в исходном прозвище звук «о» чередуется с «а»: в украинском языке форма «злагодух» (в значении «согласный дух») могла быть переосмыслена под влиянием русского произношения как «злогодух». Однако наиболее правдоподобная версия — что прозвище образовано от глагольной формы «злаго» (искажённое «злагода» — согласие, лад) и «дух», то есть «согласный духом» или «добродушный». В таком случае первоначальный смысл был положительным, а не отрицательным, вопреки современному звучанию с корнем «зло».

Фамилия Злогодухова — редкая, её носители встречаются в основном в южнорусских и украинских регионах. Географически она тяготеет к бывшим землям Слобожанщины и Черниговщины, где такие «глагольные» фамилии были особенно распространены среди казачества и крестьян. Социальный контекст: подобные прозвища часто давали не в официальном порядке, а в быту, поэтому фамилия могла закрепиться за одним родом, а не за целой волостью. Известных носителей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что говорит о её локальном бытовании.