Фамилия Злогодухов — редкий пример того, как украинская народная традиция именования столкнулась с русским суффиксом. Её основа — не «зло» и не «дух» в прямом смысле, а старинное прозвище Злагодух, которое со временем исказилось в написании.

Прозвище Злагодух относится к разряду «повелительных» украинских фамилий: оно построено по той же модели, что Подопригора, Непийвода или Вырвиглаз. Глагол «злагодити» (укр. — сладить, устроить) в повелительном наклонении слился с существительным «дух» (в значении «дыхание», «душа»). В буквальном переводе Злагодух означает «устрой дух» или «слади духа» — то есть «роди дух», «вдохни жизнь». Это имя-пожелание, которое давали ребёнку, чтобы он рос живым и здоровым.

В русском делопроизводстве XIX века украинское прозвище Злагодух записывали на слух. Буква «а» в первом слоге превратилась в «о» под влиянием акающего произношения, а само прозвище обросло типичным русским суффиксом -ов. Так Злагодух стал Злогодуховым — фамилией, которая потеряла исходный смысл, но сохранила структуру: корень-глагол + существительное + суффикс принадлежности.

Носители фамилии Злогодухов, скорее всего, происходят из украинских земель, попавших под влияние Российской империи (Левобережье, Слобожанщина). В метрических книгах и ревизских сказках её могли писать по-разному: Злагодухов, Злогодухов и даже Злагодух. Суффикс -ов указывает, что предок был крестьянином или казаком — дворянские фамилии такой модели образовывали реже, через суффикс -ский.

Спорных версий у фамилии немного. Самая слабая — связь со «злым духом»: она не выдерживает критики, потому что прозвища с прямым негативным значением (типа Злодух) в этой модели не встречаются. Украинские «повелительные» фамилии всегда несут пожелание или характеристику, а не проклятие.