Фамилия Злыдень ведет происхождение от древнерусского нецерковного имени. В основе лежит корень, связанный с глаголом «злиться» или существительным «зло». Такое имя давали ребенку с обережной целью: родители, надеясь вырастить доброго, милого и хорошего мальчика, нарекали его противоположным по смыслу именем — Злыдень. Считалось, что злые силы не позарятся на того, кого назвали «злым», и обойдут его стороной.

Менее вероятна версия, что фамилия произошла от прозвища Злыдень, которым в народе называли неприветливого, угрюмого человека. Однако в контексте древнерусской именной традиции обережная функция имени выглядит более убедительной: имена-обереги были широко распространены у славян, и Злыдень — один из таких примеров.

Фамилия образована по типичной для русских фамилий модели: основа «Злыдень» без дополнительных суффиксов осталась в форме, близкой к именительному падежу. Такое оформление встречается реже, чем фамилии на -ов или -ин, что делает фамилию Злыдень заметной на фоне более распространенных вариантов.

Однокоренные фамилии — Злыднев, Злыдников, Злыденко — показывают, как та же основа могла обрастать разными суффиксами в зависимости от региона и социальной среды. Сама же фамилия Злыдень встречается в основном в южнорусских и украинских землях, где бессуффиксальные фамилии были обычным явлением.