Фамилия Злыдины образована от личного имени Злыдя, которое относится к так называемым охранительным, или обережным, именам. В древнерусской традиции родители намеренно давали ребёнку имя с негативным значением — чтобы отвести от него зло, обмануть нечистые силы. Надеясь вырастить доброго и милого мальчика, его называли Злыдей: считалось, что настоящее имя (каким бы оно ни было) останется в тайне, и злые духи не смогут навредить младенцу. Глагол «злиться» и существительное «зло» здесь — лишь внешняя оболочка, за которой стояла забота о защите. Менее вероятная версия — что прозвище Злыдя закрепилось за неприветливым или угрюмым взрослым человеком, но для фамилий, образованных от мирских имён, первая гипотеза исторически правдоподобнее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Злыдин — «сын Злыди» или «из рода Злыди». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. В говорах имя Злыдя могло звучать и как Злыда, но письменные источники фиксируют именно мягкий вариант. Фамилия Злыдины встречается в документах XVII–XVIII веков, преимущественно в центральных и северных уездах России, где охранительные имена были особенно распространены среди крестьян и посадских людей. Среди однокоренных фамилий — Злыднев, Злыдников, Злыдарев, но все они восходят к тому же корню с корневым значением «зло, злиться».

Точное место и время возникновения фамилии Злыдины установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, а письменные свидетельства часто фрагментарны. Однако сама фамилия — живой пример того, как через, казалось бы, мрачное имя просвечивает древняя логика оберега и родительской заботы.