Фамилия Злыдников образована от мирского имени Злыдник — так в древнерусской традиции называли ребёнка с «охранительной» целью. Родители давали малышу имя с отрицательным значением, чтобы обмануть нечистую силу: считалось, что злые духи не позарятся на того, кого уже назвали Злыдником, и обойдут его стороной. Слово «злыдник» напрямую связано с глаголом «злиться» или существительным «зло», но в данном случае имя работало как оберег, а не как характеристика характера.

Менее вероятно, что в основе фамилии лежит прозвище Злыдник, данное неприветливому, угрюмому человеку. Такая версия возможна, но для фамилий на -ов/-ев, образованных от мирских имён, охранительная мотивация встречается чаще и считается более типичной для русского именослова до XVII века.

Суффикс -ов в фамилии Злыдников указывает на принадлежность: Злыдников буквально означает «сын Злыдника». По этой же модели образованы десятки фамилий от охранительных имён — например, Некрасов (от имени Некрас, то есть «некрасивый»), Неустроев, Дураков. В ряду таких фамилий Злыдников стоит особняком: само имя Злыдник встречается в документах реже, чем, скажем, Некрас или Нелюб, что делает фамилию менее распространённой, но более выразительной по корню.

В русских говорах слово «злыдник» имело и бытовое значение — так называли скупого, жадного человека или даже домового, который вредит хозяевам. Однако связывать фамилию напрямую с этим значением рискованно: письменные источники, например актовые книги XVI–XVII веков, фиксируют имя Злыдник именно как личное, а не как прозвище по качеству. Так что, скорее всего, предок носителя фамилии Злыдников получил своё имя не за дурной нрав, а по народному обычаю — чтобы отвести от семьи беду.