Фамилия Знахуренко — яркий пример украинской модели фамилий с суффиксом -енко. В Украине и на юге России этот суффикс означает «сын» или «потомок»: Знахуренко буквально — «сын Знахаря». Основа здесь не имя, а прозвище или профессия. Знахарь — это народный целитель, лекарь, человек, знающий травы, заговоры и обряды. В дореволюционной деревне знахари заменяли врачей: лечили людей и скот, помогали при родах, снимали сглаз. Фамилия могла закрепиться за потомком такого человека, причём не обязательно за сыном — часто так называли внука или правнука, жившего в той же местности.

В написании Знахуренко есть одна особенность: корень «знахур» вместо ожидаемого «знахар». В украинских говорах и в южнорусских диалектах распространено чередование «а» / «у» под влиянием аканья или местного произношения. Поэтому «знахур» — это тот же знахарь, но в народной огласовке. Такое написание встречается реже, чем Знахаренко, что делает фамилию более локальной.

О сословии носителей фамилии Знахуренко говорить сложно: знахари могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами. Но в любом случае фамилия не дворянская — она возникла в среде, где прозвище по занятию ценилось выше, чем книжное имя. В современных справочниках фамилия встречается преимущественно в Полтавской, Черкасской и Киевской областях Украины, а также в Краснодарском крае России — там, где оседали переселенцы с Украины в XIX — начале XX века.

Если сравнивать Знахуренко с однокоренными фамилиями (Знахарь, Знахаренко, Знахарюк), то именно вариант с «у» в корне выбивается из ряда. Это не ошибка и не искажение, а живой след диалектного произношения, который сохранился в официальном документе — скорее всего, в метрической книге или ревизской сказке. Так что для носителя фамилии это не просто «сын знахаря», а ещё и указание на конкретную местность, где говорили именно так.