Фамилия Знахоренко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «сын» или «потомок». В данном случае — сын Знахоря. Основа фамилии — прозвище «Знахорь», которое в украинском языке является синонимом слова «знахарь».

Знахарь — это народный целитель, лекарь, часто сочетавший врачевание травами и заговорами с элементами народной магии. В дореволюционной деревне знахарь был фигурой уважаемой и одновременно опасной: к нему шли за помощью, когда официальная медицина была недоступна, но в случае неудачи могли обвинить в колдовстве. Прозвище Знахорь мог получить человек, который либо сам занимался врачеванием, либо имел репутацию сведущего в тайных знаниях.

Суффикс -енко указывает на территорию происхождения: фамилии с этим окончанием массово формировались на землях современной Центральной и Восточной Украины, особенно в казацкой среде, начиная с XVI–XVII веков. Если бы носитель был с севера, фамилия могла бы звучать как Знахорев или Знахарский.

Интересно, что в русском языке слово «знахарь» имеет нейтральный или даже положительный оттенок, тогда как в украинском «знахорь» могло нести оттенок таинственности. Встречается вариант написания с «а» — Знаха́ренко, но форма через «о» (Знахоренко) более характерна для украинской фонетики, где в безударном положении «о» звучит как нечто среднее, но на письме сохраняется.

Никаких сведений о дворянском происхождении этой фамилии нет. Знахоренко — типичная крестьянская или казацкая фамилия, образованная от прозвища по роду занятий. Её носители, скорее всего, были простыми людьми, но их предок выделялся среди односельчан особым умением — лечить или заговаривать.