Фамилия Знайдюк почти наверняка украинская по происхождению. Её основа — глагол «знайти» (найти), а суффикс -юк указывает на западноукраинские регионы, особенно Волынь, Подолье и Галичину. В украинской ономастике суффикс -юк — один из самых распространённых патронимических (отцовских) формантов, он означает «сын» или «потомок». Таким образом, Знайдюк — это буквально «сын Знайда» или «потомок Знайда».

Но что за имя или прозвище Знайдо? Вероятнее всего, это не церковное имя, а прозвище, данное найдёнышу — подкидышу или ребёнку, которого «нашли» (знайшли). В традиционной культуре таких детей нередко называли Найден, Найдён, Знайден. Фамилия Знайдюк закрепилась за потомком такого человека. Второй, менее вероятный вариант: прозвище могли дать человеку, который постоянно что-то находил или отличался любопытством, но первая версия — основная и самая правдоподобная.

По сословной принадлежности предки Знайдюков, скорее всего, были крестьянами или казаками. Фамилия не дворянская, не книжная и не искусственная — она возникла в народной среде естественным путём. Встречается она сегодня преимущественно на западе Украины, в Волынской, Ровенской, Хмельницкой областях, а также среди украинской диаспоры. В России фамилия редкая.

В написании возможны варианты: Знадюк, Знойдюк, но форма Знайдюк — основная и этимологически верная. В дореволюционных метрических книгах могла писаться через «и» (Знайдюк) или с твёрдым знаком на конце.