Фамилия Знайко в первую очередь отсылает к украинскому слову «знайко» — знаток, осведомленный человек. Так могли прозвать умного, сообразительного, грамотного или просто любознательного человека, который всё хотел знать. Это прозвище давали тому, кто выделялся сметливостью и тягой к знаниям.

Но есть и другая версия: в основе фамилии может лежать не прозвище, а древнее языческое имя Знайко. В дохристианской традиции родители могли дать такое имя новорождённому как пожелание вырасти талантливым и толковым. Имя должно было стать своего рода оберегом и программой на будущее.

Сама модель фамилии типична для украинской ономастики. Суффикс -ко — один из самых распространённых в украинских фамилиях (сравните: Шевченко, Коваленко, Бойко). Он выполнял две функции: мог указывать на принадлежность к роду («чей-то сын» или «чей-то человек») или просто закреплял прозвище как родовое имя. В случае со Знайко суффикс-уменьшитель не придаёт прозвищу пренебрежительного оттенка, а скорее делает его фамильярным и «домашним».

Географически фамилия Знайко чаще всего встречается на территории современной Украины, особенно в её центральных и западных областях. В России она редка и обычно указывает на украинские корни предков. Сословных границ у фамилии не было: знайкой могли назвать как грамотного крестьянина, так и сельского писаря или знахаря.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна и не вызывает споров — корень зна- (от «знать») и суффикс -йк- с окончанием -о. Это один из тех случаев, когда фамилия говорит сама за себя: предок носителя был человеком осведомлённым, возможно, первым, к кому шли за советом или разъяснением.