Основой фамилии Зайко послужило мирское имя Зайка. Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Зайко образована от прозвища Зайка, восходящего к глаголу «заять» - «прыгать». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Зайка, со временем получил фамилию Зайко.