Фамилия Зайко образована от распространённого на Руси мирского имени Зайка. В древности, до повсеместного внедрения церковных имён, родители часто давали ребёнку имя-оберег, связанное с животным. Зайка — одно из таких имён. Считалось, что, назвав сына Зайкой, ему передадут быстроту, ловкость и плодовитость этого зверька, а сам ребёнок будет незаметен для злых сил. Потомок человека с именем Зайка со временем получил фамилию Зайко.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для украинских, белорусских и южнорусских земель: суффикс -ко. В польской и западноукраинской традиции этот суффикс часто придавал именам и прозвищам уменьшительно-ласкательный оттенок. Таким образом, Зайко — это не просто «сын Зайки», а скорее «маленький Зайка» или «Зайка-младший». Фамилии на -ко особенно характерны для Поднепровья, Левобережной Украины и прилегающих областей России, что указывает на географию происхождения рода.

Существует и другая версия, менее правдоподобная. Она связывает прозвище Зайка с глаголом «заять» — «прыгать». В этом случае прозвище давали человеку подвижному, суетливому или нервному. Однако эта гипотеза слабее первой: в ономастике гораздо чаще встречаются фамилии от животных-символов, чем от забытых глаголов движения. К тому же имя Зайка фиксируется в древнерусских грамотах как полноценное мирское имя, а не как ситуационное прозвище.

Фамилия Зайко — яркий пример того, как простое и понятное слово превратилось в родовое имя, сохранив связь с народной традицией и бытом предков.