Фамилия Зубагиров — сравнительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корни, нужно обратиться к восточным языкам, а конкретнее — к тюркской или монгольской лексике. Основа фамилии, «Зубагир», скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу.

Наиболее вероятная версия связывает эту фамилию с тюркским словом «зубагир» (варианты: «зубаир», «зубайр»). В арабском языке, откуда это слово пришло в тюркские, имя Зубайр (Zubayr) означает «сильный», «крепкий», «сжатый в комок». Это было имя одного из сподвижников пророка Мухаммеда, поэтому оно широко распространено в исламском мире. Таким образом, фамилия Зубагиров могла образоваться от имени Зубагир (Зубайр) по стандартной для многих народов России модели: к основе имени добавился русский патронимический суффикс «-ов», означающий «сын» или «потомок». Итог: Зубагиров — «потомок Зубагира».

Менее распространённая, но тоже возможная версия — происхождение от прозвища, связанного с родом занятий или внешностью. В некоторых тюркских диалектах «зуба» или «зуб» может означать «зуб» (как и в русском), а «гир» — суффикс, указывающий на деятеля. Гипотетически, «Зубагир» могло быть прозвищем человека с крепкими зубами, кузнеца (кусающего металл) или даже сборщика дани (от «зубе» — дань). Однако эта этимология менее надёжна и не подкрепляется устойчивой ономастической традицией.

Географически фамилия Зубагиров встречается в регионах с тюркским и кавказским населением: в Дагестане, Чечне, Татарстане, Башкортостане, а также среди казахов и татар. Суффикс «-ов» указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русском делопроизводстве, скорее всего, в XIX — начале XX века, когда у многих народов империи стали фиксировать фамилии по русскому образцу.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на «-ин» или «-ский», фамилия Зубагиров не имеет славянской корневой основы, что сразу выдаёт её восточное происхождение. При этом она сохранила архаичную форму имени, которая в современном арабском языке чаще произносится как Зубайр. Фамилия Зубагиров — это пример того, как личное имя, пройдя через тюркское посредничество и русскую административную машину, закрепилось в качестве родового имени.