Фамилия Зубера — редкий случай, когда написание с конечным -а не указывает на женский род, а сохраняет исходную форму имени или прозвища в родительном или именительном падеже. В русской традиции фамилии на -а без суффикса -ов/-ин обычно имеют южнославянское, польское или украинское происхождение, либо являются результатом поздней фиксации прозвища в документах без русификации.

Основа «зубер» напрямую связана со словом «зуб». В диалектах и старых говорах «зубер» могло означать человека с крупными, редкими или кривыми зубами — то есть типичное прозвище по внешнему признаку. Однако есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых западных регионах (Белоруссия, Польша) «зубер» — это вариант названия зубра, дикого быка. В таком случае прозвище могло характеризовать силу, упрямство или массивность человека. Сравните с фамилиями Зубр, Зубров, которые встречаются чаще, но имеют ту же образную основу.

Модель образования без патронимического суффикса (-ов, -ин, -ский) указывает, что фамилия могла закрепиться в среде, где не было жёсткой сословной русификации фамилий: среди мещан, однодворцев, казаков или в польско-литовских землях. На это же намекает и окончание -а: в польском языке многие прозвища и фамилии оканчиваются на -а независимо от пола носителя (например, Ковальчик, Зуба). В русских переписях такие формы нередко «подравнивали» под стандарт, добавляя суффикс, но Зубера устояла в исходном виде.

Географически фамилия встречается разрозненно, без выраженного гнезда в одном уезде. Это характерно для прозвищных фамилий, которые могли возникнуть в разных местах независимо. Сравнение с однокоренными Зубов, Зубков, Зубатый показывает, что Зубера стоит особняком — у неё нет уменьшительного или притяжательного суффикса, она лаконична и архаична по форме.

Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они жили на западе или юго-западе Российской империи, где сохранялись старые типы прозвищ без русификации. Прямого указания на занятие фамилия не даёт — только на внешность или характер первого носителя.