Фамилия Заубера звучит непривычно для русского уха — и это первый ключ к её происхождению. Она не вписывается в модель типичных русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами фамилия немецкого или еврейского (ашкеназского) корня, записанная в русской транскрипции. Основа — немецкое слово «Sauber» или фамилия «Sauber», что значит «чистый», «опрятный», «аккуратный». В немецком языке это могло быть прозвищем человека, который следил за собой, или, реже, относиться к профессии чистильщика, уборщика.

Окончание -а в русском написании — это родительный падеж, который в славянской традиции часто закреплялся за фамилиями польского или западнорусского происхождения (тип «Заубе́ра» — «из рода Заубера»). Но в данном случае проще объяснить это прямой передачей немецкой фамилии «Sauber» в женском роде (Заубера — жена или дочь Заубера) либо фиксацией фамилии в форме, данной при переселении. В XIX — начале XX века в Российской империи было много немецких колонистов и евреев, говоривших на идише, где фамилия «Заубер» (Sauber) встречалась среди ремесленников и торговцев.

Стоит рассмотреть и менее вероятную версию: если фамилия исконно русская, она могла образоваться от прозвища «Заубер» — человека, который «заубирал», то есть убирал, прятал что-то. Но это гипотеза без серьёзной опоры: в русских говорах такого корня нет, а в словарях фамилия не фиксируется как славянская. Куда правдоподобнее, что предки носителя фамилии Заубера — выходцы из немецкоязычных земель или еврейских местечек, где фамилия Sauber была распространена. В России её могли изменить по падежу или записать на слух как «Заубера», закрепив эту форму за целым родом.

География фамилии сегодня — в основном Россия и страны бывшего СССР, где она остаётся редкой. В Германии и Австрии оригинальная форма Sauber встречается чаще, но тоже не входит в сотни самых распространённых. Таким образом, Заубера — это фамилия-пришелец, которая через написание и окончание сохранила память о своём нерусском корне и о том, что её первый носитель, вероятно, слыл чистюлей или аккуратистом.