Фамилия Заубин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не имеет очевидного толкования. На первый взгляд, в ней слышится глагол «заубивать» (забивать до смерти), но это ложный след. В русских говорах слово «зауба» или «зауб» не фиксируется. Скорее всего, перед нами вариант фамилии, образованной от топонима или прозвища с корнем «зуб», осложнённым приставкой «за-».

Приставка «за-» в русских фамилиях указывает на признак, связанный с положением за каким-либо объектом или с действием, совершённым за пределами нормы. Если основа — «зуб», то прозвище Зауба могли дать человеку, у которого зубы были необычной формы, торчали вперёд или, наоборот, отсутствовали («за зубом» — за пределами обычного ряда). В северных и сибирских говорах «зауба» иногда называли заячью губу — расщелину верхней губы, что тоже могло стать поводом для прозвища.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Заубин — сын Заубы. Модель образования типична для северорусских и сибирских фамилий, где прозвища на -а активно переходили в фамилии. Встречается фамилия в основном в Вологодской, Архангельской областях и в Зауралье — регионах, где сохранялась архаичная лексика.

Есть и другая, менее вероятная версия: от глагола «заубить» в значении «закрепить, вбить» (например, заубить гвоздь). Тогда прозвище мог получить плотник или кузнец. Однако эта гипотеза слабее, так как глагол в таком значении почти не сохранился в диалектах, а фамилия явно происходит от существительного на -а.

В любом случае, Заубины — потомки человека, которого в XVI–XVII веках окрестили Заубой за какую-то заметную особенность рта или зубов, либо за мастерство, связанное с креплением. Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одного или двух родов, разошедшихся по северу России.