Фамилия Зарубин — одна из тех, что хранят в себе наглядную примету. В её основе лежит прозвище Заруба, которое давали человеку со шрамом, рубцом, заметным следом от удара. Слово «заруба» в древнерусском языке означало именно зарубку, насечку или рубец на теле. Так что предок носителя этой фамилии, скорее всего, носил на лице или другой открытой части тела характерную отметину, которая и стала его именем.

Словообразовательная модель проста: к основе «Заруб-» добавился суффикс «-ин», указывающий на принадлежность. В буквальном смысле Зарубин — это «сын Зарубы». Такая патронимическая форма типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а. Важно не путать её с фамилиями на -ов/-ев, которые образуются от основ на согласный или -о.

Первые письменные упоминания относятся к XVI–XVII векам. В труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» зафиксирован Конон Алексеев Заруба, живший в Москве в 1522 году. А в 1638 году в московских документах встречается подьячий Терентий Зарубин. Это говорит о том, что фамилия бытовала в разных слоях общества — от служилых людей до казачества.

Самая яркая историческая фигура с этой фамилией — Иван Никифорович Зарубин, известный под прозвищем Чика (1736–1775). Яицкий казак, он стал одним из ближайших сподвижников Емельяна Пугачева. Именно Зарубин руководил осадой Уфы и возглавлял восстание в Башкирии. После разгрома восстания он был казнен. Другой известный носитель фамилии — Елизавета Юльевна Зарубина (1900–1987), советская разведчица, работавшая в Европе и США. Её биографию нередко сравнивают с историей Маты Хари, хотя реальная работа разведчицы была куда сложнее и результативнее.

Встречается и альтернативная, менее распространённая версия происхождения: от топонима Заруб — названия нескольких деревень и рек в России. В этом случае фамилия могла указывать на выходца из такого места. Однако версия со шрамом считается основной и более вероятной для большинства носителей.