Фамилия Зыболов — редкий пример, где прозвищная основа сохранила почти неизменный вид. В её центре — слово «зыбол», которое в русских говорах имело несколько значений, и все они связаны с движением или неустойчивостью.

Самый вероятный источник — диалектный глагол «зыбать» (качать, колебать, колыхать), распространённый в вологодских и новгородских говорах. Прозвище Зыбол могли дать человеку с характерной походкой — например, тому, кто при ходьбе покачивался, переваливался или имел проблемы с ногами. Такая версия логична: прозвища часто фиксировали заметную внешнюю черту или физический недостаток.

Есть и вторая гипотеза, тоже опирающаяся на диалектную лексику. В тех же северных говорах «зыба» или «зыбка» означала колыбель. Тогда Зыболом могли прозвать мастера, делавшего детские колыбели, — прозвище по ремеслу, что часто встречается в русских фамилиях. Менее вероятно, но возможно, что так называли самого младенца, которого «зыбали» (укачивали) в зыбке.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?») — «сын Зыбола». Фамилия образована от прозвища без промежуточных форм, что говорит о её относительно позднем закреплении (XVII–XVIII века), когда фамилии стали массово давать крестьянам и посадским людям.

В отличие от распространённых фамилий на -ов (Иванов, Петров), Зыболов не имеет очевидной связи с каноническим именем. Это чисто прозвищная фамилия, каких много в северорусском ареале, где диалектная лексика сохранялась дольше. В современных справочниках фамилия встречается редко, что подтверждает её локальное происхождение — скорее всего, из бывших Новгородской или Вологодской губерний.