Фамилия Зыченкова — это не просто вариант более известной фамилии Зыков, а её редкая «внучатая» форма, построенная по цепочке: Зык → Зыченко → Зыченков. Иными словами, Зыченков — это сын Зыченко и внук человека по прозвищу Зык. Такая модель (суффикс -енк- плюс -ов) характерна для украинской и южнорусской традиции, где отчество на -енко означало «малый, сын такого-то», а при переходе в великорусскую фамильную форму к нему добавляли стандартный -ов.

В основе лежит прозвище Зык. В русских говорах «зык» — это звучный стук, крик, гул, раскатистый отголосок, а в вятских диалектах — ещё и окрик. Глагол «зыкать» означал «кричать на кого-то, звать, стучать, издавать резкие звуки». Соответственно, Зыком могли прозвать либо обладателя зычного, громоподобного голоса, либо человека, который в работе производил много шума — например, кузнеца, плотника или бондаря.

Исторические источники подтверждают, что прозвище Зык было распространено на Руси с XV века. В документах встречаются: Зык Обобуров, слуга митрополита (вторая половина XV века); Зык Васильевич Кутузов (1545 г.); Зык Мосеев, помещик в Дегожском погосте (1539 г.); Зык Тимофеев сын, слуга Кирило-Белозерского монастыря (1557 г.); крестьянин деревни Немзя Зык Петров (1579 г.); крестьянин деревни Бердникова на реке Усолке Ивашка Зыков (1579 г.). Фамилия Зыков фиксируется уже в конце XV века: Григорий Иванович Зыков был ключником рязанских князей. Позже известен Афонасей Зыков, московский дьяк (1661 г.), и Иван Григорьевич Зыков из Вологды (1629 г.).

Фамилия Зыченкова образовалась от патронима Зыченко — то есть «сын Зыка». Такие формы были особенно популярны на территории современной Украины, в Белгородской, Курской и Воронежской областях. Поэтому носители фамилии Зыченкова, скорее всего, имеют корни в южнорусских или украинских землях, где цепочка «прозвище → отчество на -енко → фамилия на -ов» была обычным делом. В отличие от массовой фамилии Зыков, Зыченкова встречается реже и сохраняет более сложную историю происхождения.