Фамилия Зыль — редкий пример, когда прозвище произошло от слова с узкой диалектной географией. В основе лежит существительное «зыля», которое в вологодских говорах обозначает солончаковое и ржавое болото. Такая топонимическая привязка сразу выдаёт регион, где фамилия могла возникнуть, — северные земли, где болотистая местность была характерной чертой ландшафта.

Скорее всего, прозвище Зыль указывало на место жительства человека: его дом стоял у топкого, непригодного для пашни болота. Однако есть и вторая версия. В тех же диалектах слово могло относиться к участку с засоленной почвой — солонцам. Поэтому не исключено, что Зылем прозвали крестьянина, получившего надел, который приходилось долго и бесполезно обрабатывать из-за плохой земли. В таком случае прозвище отражало не столько характер человека, сколько его хозяйственную долю.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс нулевой, фамилия совпадает с исходным прозвищем без добавления типичных для русского языка окончаний -ов или -ин. Такая бессуффиксная форма встречается реже и часто указывает на украинское или белорусское влияние, но здесь корень чисто севернорусский. Это делает фамилию Зыль уникальным гибридом: диалектная основа из вологодских земель, а способ оформления — более южный.

В сословном отношении носители фамилии, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, жившими вблизи болот или на солончаках. Никаких сведений о дворянских родах Зыль нет — фамилия осталась в крестьянской среде и не попала в родословные книги. Географически её стоит искать в Вологодской, Архангельской и соседних областях, где сохранились старые говоры.

Споров среди этимологов практически нет: все сходятся на диалектном «зыля». Альтернативные версии, например связь с польским «zyl» (жила) или немецким словом, выглядят натянутыми и не подтверждаются ареалом бытования фамилии.