В его основе лежит существительное «зыля», которое в вологодских диалектах означает «солончаковое и ржавое болото». Скорее всего, прозвище указывало на место жительства человека (заболоченная местность). Однако не исключено, что Зылем прозвали крестьянина, который получил земельный надел с засоленной почвой (солонцы).