Фамилия Зылькова — женская форма от Зыльков, а та, в свою очередь, восходит к прозвищу Зылек. Его основа — диалектное слово «зыля», которое в вологодских говорах обозначает «солончаковое и ржавое болото». То есть прозвище было топонимическим: так могли назвать человека, жившего на сырой, заболоченной земле, либо крестьянина, чей надел приходился на солонцы — засоленные почвы, малопригодные для хорошего урожая. Суффикс -ек в прозвище Зылек — уменьшительный, характерный для северорусской ономастики, он мог смягчать неблагозвучную основу или указывать на молодого члена семьи.

Интересно, что фамилия Зыльков встречается в основном на Русском Севере, в частности в Вологодской и Архангельской областях, что подтверждает диалектную природу корня. В соседних регионах бытуют однокоренные фамилии — Зылев, Зылин, Зырянов, но Зыльков стоит особняком из-за редкого суффикса -ьк-, который не так часто встречается в русских фамилиях. Сравните с фамилиями типа Козьмин или Кузькин — там суффикс -ьк- смягчает основу, а в Зылькове он, вероятно, закрепился из прозвищной формы.

Другие возможные версии происхождения — от слова «зылить» (капризничать, ныть) или от имени Зыла (сокращение от Зылата, народная форма Златы), но они менее убедительны: диалектное «зыля» как географический термин даёт более прямую и логичную связь с образом жизни предка-крестьянина. Фамилия недворянская, относится к крестьянскому или мещанскому сословию, что типично для прозвищ, привязанных к местности. В современных базах данных носители Зыльковых не образуют заметных династий, но фамилия сохранила редкий диалектный след, который позволяет сегодня точно определить, откуда родом её первые носители.