Фамилия Зысины, как и многие русские фамилии, ведет начало от личного прозвища или мирского имени. Сразу стоит оговориться: единой версии происхождения нет, и ономасты предлагают несколько вариантов, каждый из которых по-своему логичен.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с украинским диалектным словом «зиз» — косоглазие. В этом случае прозвище Зыся давали человеку с заметным дефектом зрения. Такие «физические» прозвища были обычны в крестьянской среде: они не несли оскорбительного оттенка, а служили простым и точным опознавательным знаком.

Вторая версия, напротив, предполагает, что Зыся — это не прозвище, а охранительное мирское имя. В древности родители могли назвать сына Зысей, то есть «косым», чтобы обмануть злых духов: считалось, что нечистая сила не позарится на ребенка с «плохим» именем и не нашлет на него настоящую болезнь. Парадоксальным образом такое имя должно было обеспечить мальчику здоровье и красоту.

Третья, менее распространенная гипотеза выводит фамилию из еврейского женского имени Зиса, которое переводится как «сладость». Однако эта версия требует дополнительных подтверждений, так как суффикс -ин типичен именно для русской модели образования фамилий от основ на -а/-я.

Словообразовательная модель проста: к основе Зыс- (от Зыся) добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Зыси). Со временем эта форма закрепилась как наследственная фамилия. Однокоренных фамилий в русском языке немного, что делает Зысиных довольно редким фамильным гнездом. Где именно и когда фамилия возникла впервые, сказать трудно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и документальные свидетельства по такой локальной фамилии часто утеряны.