Фамилия Абдугаффоров — одна из тех русских фамилий, которые на самом деле не имеют славянских корней, а образованы от арабского имени с помощью типичного русского суффикса. Её основа — составное мусульманское имя Абдугаффор (вариант написания — Абдулгаффор). Первая часть (абд) означает «раб» или «слуга», вторая (аль-Гаффор) — одно из имён Аллаха, «Всепрощающий». Вместе имя переводится как «раб Всепрощающего». Это теофорное имя, то есть прямо указывающее на религиозную принадлежность носителя.

Словообразовательная модель проста: к имени Абдугаффор добавили русский патронимический суффикс -ов, который в российской традиции закрепился за фамилиями нерусского происхождения (сравните: Абдурахманов, Абдуллаев). Суффикс указывает на принадлежность: «сын Абдугаффора». Таким образом, фамилия фиксирует имя отца первого носителя.

Абдугаффоровы — это потомки человека, которого звали Абдугаффор. Вероятнее всего, предки были мусульманами из Средней Азии (Узбекистан, Таджикистан) или Поволжья (татары, башкиры). Фамилия могла появиться в XIX — начале XX века, когда у народов Российской империи начали массово фиксировать фамилии по отцу. Интересно, что в арабской графической традиции имя пишется слитно (عبدالغفور), а в русской транскрипции встречаются варианты с «л» (Абдулгаффоров) — это связано с тем, что определённый артикль «аль» в арабском языке при слитном произношении даёт звук «л», но в тюркских языках он часто опускается.

В отличие от многих русских фамилий, у Абдугаффорова нет прозвищной или профессиональной основы — это чисто именная фамилия, которая не даёт информации о занятии или характере предка, зато чётко указывает на его вероисповедание и культурную среду. Сегодня фамилия встречается преимущественно в Узбекистане, Таджикистане и среди диаспор в России.