Фамилия Абдугаффоров — чисто именная, без прозвищной или профессиональной основы. Она не расскажет о занятии или характере предка, зато прямо укажет на его вероисповедание и культурную среду. Словообразовательная модель проста: к основе добавили русский патронимический суффикс -ов, который в российской традиции закрепился за фамилиями нерусского происхождения (сравните: Абдурахманов, Абдуллаев). Суффикс означает принадлежность: «сын Абдугаффора». Фамилия фиксирует имя отца первого носителя.

Её основа — составное мусульманское имя Абдугаффор (встречается и вариант Абдулгаффор). Первая часть (абд) значит «раб» или «слуга», вторая (аль-Гаффор) — одно из имён Аллаха, «Всепрощающий». Вместе имя переводится как «раб Всепрощающего». Это теофорное имя, то есть прямо указывающее на религиозную принадлежность носителя. В арабской графической традиции имя пишется слитно (عبدالغفور), а в русской транскрипции встречаются варианты с «л» (Абдулгаффоров). Это связано с тем, что определённый артикль «аль» в арабском языке при слитном произношении даёт звук «л», но в тюркских языках он часто опускается — отсюда и разница в написании.

Абдугаффоровы — потомки человека по имени Абдугаффор. Вероятнее всего, предки были мусульманами из Средней Азии (Узбекистан, Таджикистан) или Поволжья (татары, башкиры). Фамилия могла появиться в XIX — начале XX века, когда у народов Российской империи начали массово фиксировать фамилии по отцу. Сегодня она встречается преимущественно в Узбекистане, Таджикистане и среди диаспор в России.