Фамилия Абдугафуров — яркий образец того, как арабское имя, пройдя через тюркские языки, закрепилось в русской фамильной модели. В её основе лежит составное мужское имя Абдугафур, которое переводится с арабского как «раб Прощающего»: «абд» означает «раб», а «аль-Гафур» — одно из имён Аллаха, «Всепрощающий». Имя это распространено у многих народов, исповедующих ислам, в первую очередь у узбеков, таджиков, уйгуров и крымских татар.

Русский суффикс -ов, добавленный к основе, превращает имя в типичную для восточнославянской традиции форму притяжательного прилагательного: «чей?» — Абдугафуров, то есть «сын (или потомок) Абдугафура». Такая модель стала массово применяться в Российской империи при документальной фиксации фамилий у мусульманских народов в XIX — начале XX века. До этого у большинства тюркских и иранских народов фамилий в современном понимании не было, вместо них использовали имя отца — патроним.

Географически фамилия тяготеет к Средней Азии: прежде всего к Узбекистану и Таджикистану, а также к татарским и башкирским общинам Поволжья. В России она встречается в основном в крупных городах, куда переезжали выходцы из этих республик, и в некоторых районах Северного Кавказа.

У фамилии есть два варианта ударения, и это не просто ошибка произношения. В среде носителей, сохраняющих тюркскую интонацию, ударение часто падает на последний слог: Абдугафуро́в. В полностью обрусевших семьях нередко сдвигают ударение на третий слог с конца, по аналогии с русскими фамилиями на -ов: Абдуга́фуров. Оба варианта допустимы, но первый ближе к исходному произношению имени.

Социальный состав носителей пёстрый: предки могли быть и городскими ремесленниками, и земледельцами, и представителями духовенства. Поскольку имя Абдугафур часто давали в семьях, ценивших религиозное образование, среди носителей фамилии немало людей, чьи деды и прадеды были муллами или учителями при мечетях.