Фамилия Абгалина — женская форма, и её происхождение напрямую связано с мужской основой Абгалин. Ключ к фамилии — в личном имени или прозвище Абгал, от которого с помощью самого распространённого в русском языке суффикса -ин образована фамилия. Этот суффикс указывает на принадлежность: Абгалин буквально означает «сын (или потомок) Абгала» или «человек из рода Абгала».

Само имя Абгал — редкое и неоднозначное. Наиболее вероятное объяснение лежит в тюркских языках. В башкирском, татарском и казахском языках имя Абгал (или Абгали) может быть вариантом имени Абдулгали (от арабского ‘абд аль-‘али — «раб Всевышнего»), где произошло стяжение и упрощение звуков. География бытования — сильный аргумент в пользу именно этой этимологии: фамилия Абгалин встречается преимущественно в регионах с сильным тюркским влиянием: в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях.

Менее распространённая версия связывает основу с диалектным русским словом «абгалдырь» или «абгал» — так в некоторых говорах называли морской термин (снасть для поворота паруса) или, в переносном смысле, нерасторопного, неуклюжего человека. Но эта гипотеза слаба: фамилия Абгалин практически не фиксируется в исконно русских северных или поморских областях, где такая лексика была бы уместна. Поэтому тюркское происхождение от сокращённого арабского имени с религиозным значением выглядит гораздо убедительнее.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия примечательна тем, что сохранила редкую, почти не встречающуюся в других фамилиях основу. Это не вариант распространённых Абдуллин или Галиев, а самостоятельная форма, которая могла возникнуть в результате местного произношения или при переписи населения, когда писарь записывал имя на слух. Предки носителей фамилии Абгалина, скорее всего, были тюркоязычными мусульманами (башкирами или татарами), принявшими православие или получившими фамилию по отцу при документальном оформлении в XIX — начале XX века.