Фамилия Абидонян — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает этимологическую загадку. Типичный армянский суффикс -ян (вариант -янц) указывает на принадлежность к роду или происхождение из определённого места. Основа «Абидон» в армянской ономастике не имеет прямого и очевидного значения — в отличие, скажем, от фамилий, образованных от имён (Петросян) или профессий (Назарян). Поэтому самая правдоподобная версия — топонимическая.

Абидон — это, скорее всего, название населённого пункта. В исторической Армении, а также на территории современной Турции (Западная Армения) существовали села с похожими корнями. Например, известен топоним Абидан или Абидон в районе Харберда (Харпут). Переселенцы из этого села, перебравшись в Российскую империю или другие регионы, получали фамилию по месту выхода: Абидонян — «родом из Абидона». Суффикс -ян работает здесь так же, как русский -ский в фамилиях типа Горский или Полянский.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с арабским именем Абид (عبيد), что значит «поклоняющийся», «раб Божий». В таком случае фамилия прошла бы через адаптацию: Абид → Абидян → Абидонян, с наращением -он- для благозвучия. Однако для армянской среды такое прямое заимствование имени без посредничества топонима встречается реже. Промежуточная версия — личное имя Абидон, возможно, уменьшительная или диалектная форма того же арабского корня, бытовавшая среди армян-христиан, но документальных подтверждений этому мало.

Сословно фамилия не даёт подсказок: Абидонянами могли быть и крестьяне, и ремесленники. В Российской империи армянские фамилии на -ян не закреплялись за дворянством или духовенством — их носили все слои. Если предки были из Западной Армении, то, скорее всего, после геноцида 1915 года они оказались в Восточной Армении (в составе Российской империи) или в диаспоре.

В современных базах данных фамилия Абидонян встречается нечасто, что подтверждает её узколокальное происхождение: носители могли быть выходцами из одного конкретного села или даже одного рода, разросшегося и расселившегося. Фамилия не «говорящая» — она не описывает занятие или внешность предка, а служит меткой, привязанной к точке на карте, которую предки покинули поколения назад.