Фамилия Абойкин — редкий пример, где основа и суффикс вступают в противоречие. С первого взгляда кажется, что перед нами типичный патроним на -ин, образованный от имени или прозвища Абойка. Но если присмотреться к суффиксу -кин, это отчество от женского имени или прозвища: Абойка — форма от Аба, Абакум или, что вероятнее, от тюркского имени Абай (старший брат, дядя, наставник). Однако в русской ономастике суффикс -ин крепче сидит за основами на -а, а -кин — редкий вариант, который мог возникнуть из-за диалектного произношения или ошибки писаря.

Вторая версия отталкивается от глагола «абайкать» — в некоторых говорах так называли укачивать ребёнка или баюкать. Прозвище Абойка мог получить нянька, пестун или просто человек с мягким, усыпляющим голосом. Фамилия тогда относилась к «профессиональным» и указывала на занятие или бытовую привычку предка.

Географически фамилия Абойкин встречается точечно, преимущественно в Поволжье и на Урале, где было сильное татарское и башкирское влияние. Это подкрепляет версию о тюркской основе: имя Абай в этих краях было распространено, а русификация через суффикс -кин дала необычную форму. Спор между двумя версиями решается просто: если бы фамилия была чисто русской от «абайкать», она бы сохранила ударение на втором слоге — Абойкин, а в случае с тюркским именем ударение падает на последний слог — Абойкин. В реальности носители произносят по-разному, что говорит о смешанном происхождении.

Сословная принадлежность предков неясна — фамилия слишком редкая для статистики по дворянству или крестьянству. Можно лишь предположить, что её носители были выходцами из среды, где русские и тюркские имена свободно смешивались: ямщики, казаки, торговые люди.