Фамилия Абоймовы — редкий случай, когда написание выдаёт региональное произношение предков. В большинстве источников её признают фонетическим вариантом фамилии Обоймовы, где корень — нарицательное «обойма». В старом русском языке обоймой называли металлическую рамку для патронов, которая позволяла заряжать ружьё сразу несколькими зарядами. Отсюда и прозвище родоначальника — Обоймый. Скорее всего, он имел дело с оружием: был либо военным, либо оружейным мастером, а прозвище закрепилось за ним как основное, вытеснив крестильное имя.

Чередование гласных о/а в начале слова — типичная примета «акающих» говоров, распространённых на юге и в центре России. Там, где говорили «абайма» вместо «обойма», и появилось написание Абоймов. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — Абоймов, то есть сын или потомок Абоймого. Форма множественного числа Абоймовы в быту часто обозначает весь род или семью в целом.

Важно не путать этот корень с диалектным глаголом «обоймать» (обнимать) — версия с патронной обоймой выглядит убедительнее, так как прозвища по роду занятий в крестьянской и служилой среде были обычным делом. Окончательно установить, в какой именно губернии и в каком веке фамилия закрепилась, можно только по архивным переписям и ревизским сказкам, но сама словообразовательная модель говорит о её исконно русском, «служилом» или «ремесленном» происхождении.