Фамилия Афандеев происходит от прозвища или нецерковного имени Афандей. В её основе лежит тюркское слово «эфенди» — «господин», «повелитель». В XV–XX веках «эфенди» был распространённым титулом и обращением в Османской империи и других странах Востока. Им величали не только султанов и знатных особ (обращение ставилось сразу после имени, например Ахмед-эфенди), но и всех грамотных граждан в отличие от неграмотных. В военной иерархии звание «эфенди» соответствовало европейскому лейтенанту. Обращались так и к женщинам («ханым-эфенди»), и к мужчинам («бей-эфенди»), иногда даже к иностранцам-немусульманам.

Именование Афандей, скорее всего, указывало на социальный статус его носителя — уважаемого, грамотного человека, возможно, имевшего отношение к военной или чиновничьей среде. Со временем, когда на Руси закрепилась модель фамилий на -ев/-ов, потомки человека по прозвищу Афандей стали писаться Афандеевыми. Фамилия эта — памятник восточной культуры, но её точное время и место возникновения можно установить только в ходе серьёзных генеалогических изысканий. В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён, Афандеевы ведут родословную от тюркского титула, что делает её редкой и примечательной.