Фамилия Афандеров — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает исходное слово. На слух она воспринимается как русская фамилия с типичным суффиксом -ов, но корень здесь нерусский и, скорее всего, тюркский или арабо-персидский.

Основа «Афандер» восходит к имени или прозвищу, которое в русской среде переделали на свой лад. Самый вероятный источник — тюркское слово «афанды» (или «эфенди»), означавшее «господин», «учитель», «уважаемый человек». В Османской империи и в среде крымских татар это был титул обращений к духовным лицам и знати. Попав в русскую речь, слово превратилось в прозвище Афандер (через оглушение конечного «ы» и адаптацию к мужскому роду), а затем фамилия закрепилась через суффикс принадлежности -ов: «сын Афандера».

Вторая, менее распространённая версия связывает фамилию с греческим именем Афанасий (Афанас) через диалектное произношение. В южнорусских и украинских говорах имя Афанасий могли сокращать до Афан, а затем добавлять суффикс -дер (по аналогии с фамилиями на -дер, -тер, которые иногда возникали из прозвищ). Однако этот путь сложнее и менее вероятен: для фамилий от Афанасия типичны формы Афанасьев, Афонин, Афонькин.

Географически фамилия Афандеров встречается единично, преимущественно в Поволжье и на Южном Урале — регионах, где веками жили рядом русские, татары, башкиры и чуваши. Такое соседство часто порождало фамилии-гибриды: тюркское по корню слово, оформленное русским патронимическим суффиксом. Носитель фамилии мог быть потомком крещёного татарина или башкира, получившего прозвище «афанды» за учёность или должность при мечети, либо русского, который перенял уважительное обращение от соседей-мусульман.

С точки зрения словообразования фамилия проста: основа Афандер + суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Афа́ндеров. В документах XIX века могла писаться с буквой «ъ» на конце (Афандеровъ), а в устной речи иногда звучала как Афандеров — с твёрдым «д», что подтверждает её нерусское происхождение (в русских фамилиях на -ов смягчение согласного перед суффиксом встречается редко).

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет. Можно встретить варианты Афандер, Афендеров, Эфендиев — последняя явно указывает на тот же тюркский корень, но без оглушения. Если ваша фамилия Афандеров, то с высокой долей вероятности предок был человеком уважаемым, возможно — сельским учителем, муллой или писарем, а сама фамилия хранит память о титуле, который в тюркском мире значил больше, чем просто имя.