Фамилия Афандеева хранит память о социальном статусе предка. В её основе лежит именование Афандей, которое восходит к тюркскому слову «эфенди» — «господин», «повелитель». В Османской империи и некоторых странах Востока XV—XX веков «эфенди» было не просто обращением, а полноценным титулом и даже офицерским званием, примерно соответствующим европейскому лейтенанту.

Интересно, что сфера употребления этого слова была широка. «Эфенди» ставили после имени (Ахмед-эфенди) и использовали при обращении к знатным особам вплоть до султана. Применяли его и к женщинам («ханым-эфенди»), и к иностранцам, и даже к не мусульманам. Более того, в Османской империи эфенди считались все грамотные граждане — в отличие от неграмотных. Так что именование Афандей могло указывать не только на высокое положение, но и на образованность его носителя.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Афандей добавили русский патронимический суффикс -ев, указав на принадлежность потомку человека по имени Афандей. Со временем эта форма закрепилась как фамилия.