Фамилия Афандеев образована от личного именования Афандей, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому слову «эфенди». В переводе с тюркского «эфенди» означает «господин», «повелитель». В XV–XX веках это слово использовалось как титул и офицерское звание в Османской империи и некоторых других странах Востока.

Изначально «эфенди» служило вежливым обращением к знатным особам, вплоть до султана, и ставилось сразу после имени — например, Ахмед-эфенди. Существовали и составные формы обращения: к женщинам — «ханым-эфенди», к мужчинам — «бей-эфенди». Иногда так обращались даже к иностранцам и немусульманам. Примечательно, что в Османской империи «эфенди» считались все грамотные граждане — в отличие от неграмотных. В военной иерархии это звание соответствовало европейскому лейтенанту.

Таким образом, именование Афандей могло указывать на социальный статус его носителя: либо на принадлежность к знати, либо на грамотность и уважаемое положение. Потомка человека по имени Афандей со временем стали называть Афандеевым.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия типична для русской ономастики: к основе Афандей добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Афандея). Интересно, что начальное «э» в заимствованном слове в русском просторечии часто переходило в «а» — так «эфенди» превратилось в Афандей. Эта фонетическая особенность встречается и в других фамилиях тюркского происхождения и служит дополнительным указанием на устный путь заимствования, а не на книжную фиксацию.

Фамилия Афандеев редкая, её географическое распространение невелико, но она даёт ключ к пониманию того, как в русской среде адаптировались восточные титулы и имена, превращаясь в родовые прозвания.