Фамилия Агандеев — редкий пример, где географический корень почти наверняка перевешивает антропонимический. В отличие от большинства русских фамилий на -ев, образованных от крестильных имён (Иван → Иванов), Агандеев, скорее всего, происходит от названия реки или местности.

Основа фамилии — «Аганда». Это гидроним: река Аганда протекает в Красноярском крае (приток Подкаменной Тунгуски). В тюркских языках «агын» или «аган» означает «течение», «поток», что хорошо ложится на речную семантику. В таком случае фамилия Агандеев — это указание на то, что предок жил на реке Аганде или происходил оттуда. Модель образования проста: основа Аганд- + суффикс -ев (притяжательный, как у Петров). Буква «д» в середине — характерный тюркский переход (ср. Аганда, а не Агана).

Версия о происхождении от личного имени менее вероятна. В мусульманских именниках встречается имя Аганд (из персидского «аганд» — «полный», «наполненный»), но оно крайне редкое. Если бы фамилия пошла от него, форма была бы «Агандов» или «Агандин», а не «Агандеев». Суффикс -еев в этом случае выглядит как натяжка.

География фамилии подтверждает версию с рекой. Агандеевы встречаются в основном в Сибири, особенно в Красноярском крае и Иркутской области — там, где протекает Аганда. Это типичная «речная» фамилия, аналогичная, например, Иртышову или Енисееву, но с более узкой привязкой.

Сословно предки Агандеевых, скорее всего, были крестьянами-старожилами Сибири, возможно, из числа «чалдонов» — коренных русских сибиряков. В XIX веке такие фамилии часто фиксировались у государственных крестьян, которые жили на реках и занимались охотой, рыболовством или земледелием. Дворянской линии у фамилии нет — она слишком локальная и поздняя.