Фамилия Агандеев — случай почти уникальный: её корень не в имени, а в карте. Основа «Аганда» — это гидроним, название реки в Красноярском крае, притока Подкаменной Тунгуски. Тюркская семантика («агын» — течение, поток) хорошо ложится на речную природу слова. Значит, фамилия указывала на место жительства предка: он был с Аганды или жил на её берегах. Модель образования простая — основа Аганд- плюс притяжательный суффикс -ев, как у Петров или Соколов. Буква «д» в середине — характерный тюркский переход, сравни Аганда, а не Агана.

Версия о происхождении от личного имени Аганд (из персидского «аганд» — «полный», «наполненный») маловероятна. Такое имя в мусульманских именниках крайне редкое, и если бы фамилия пошла от него, форма была бы «Агандов» или «Агандин», а не «Агандеев». Суффикс -еев здесь выглядел бы натяжкой.

География фамилии подтверждает речную версию. Агандеевы встречаются в основном в Сибири — в Красноярском крае и Иркутской области, то есть там, где течёт Аганда. Это типичная «речная» фамилия, вроде Иртышова или Енисеева, но с более узкой, локальной привязкой. Сословно предки Агандеевых, скорее всего, были крестьянами-старожилами Сибири, из числа так называемых «чалдонов» — коренных русских сибиряков. В XIX веке такие фамилии фиксировались у государственных крестьян, которые жили по рекам и занимались охотой, рыболовством или земледелием. Дворянской линии у фамилии нет — она слишком локальная и поздняя.