Фамилия Афаринов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Внешне основа напоминает тюркские или кавказские корни, но при разборе по словообразовательной модели выясняется, что перед нами, скорее всего, русская фамилия.

Ключ к разгадке — суффикс «-ин». В русском языке фамилии на «-ин» образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. Здесь основа — «Афаря» или «Офаря». Скорее всего, это производная форма от крестильного имени. Самый вероятный кандидат — имя Агафар (Агафарн), редкое греческое имя со значением «благой, добрый». В народном произношении оно могло редуцироваться до Афаря, а с учётом аканья (когда безударное «о» звучит как «а») — до Офаря. Так появилась фамилия Офаринов, которая позже, под влиянием письменной фиксации или местного говора, перешла в Афаринов.

Менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «афар» (афарский язык, народность в Эфиопии) или арабским «афар» (пыль, прах). Однако для русского ономастикона такие заимствования нетипичны, и фамилия не встречается в регионах с сильным тюркским влиянием. Её носители — скорее потомки крестьян или мещан из центральной России, где имя Агафар (или его форма Афаря) бытовало вплоть до XIX века.

В дореволюционных метриках единого устоявшегося написания не было: встречаются варианты Офаринов, Афаринов, реже — Афоринов. Это характерно для редких фамилий. Сегодня Афариновы встречаются единично, в основном в Поволжье и на юге России, что подтверждает версию о русском происхождении с редкой именной основой.