Фамилия Афенькина — женская форма, за которой стоит мужская фамилия Афенькин. Её основа — имя или прозвище, и здесь не обойтись без разбора редкого суффикса. В русских фамилиях суффикс -ин обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Афенькин, то есть сын или потомок Афеньки. Но само слово «Афенька» — это не церковное имя, а народная, бытовая форма.

Скорее всего, Афенька — производное от крестильного имени Афанасий (греч. «бессмертный»). В русских говорах имя Афанасий сокращали до Афоня, Фаня, а в некоторых регионах — до Афеня. Уменьшительно-ласкательный суффикс -еньк- (как в Васенька, Костенька) придавал имени оттенок ласки или указывал на молодого человека. Таким образом, Афенькин — «сын Афеньки», то есть внук или потомок Афанасия. Именно эта версия — основная: суффикс -еньк- в русской антропонимии почти всегда прирастает к личным именам, а не к прозвищам по занятию или внешности.

Есть и более редкая версия: связь с диалектным словом «афеня» — так в некоторых областях называли офеней, то есть коробейников, мелких торговцев вразнос. Офени ходили по деревням с товаром, и прозвище Афеня могло закрепиться за человеком, занимавшимся таким ремеслом. Однако эта версия слабее: форма «Афенька» с суффиксом -еньк- типична именно для личных имён, а не для прозвищ по роду занятий. К тому же офени сами по себе были замкнутой группой, и их прозвища редко оформлялись в фамилии через -ин.

Географически фамилия Афенькина встречается в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Вятской и Костромской губерниях, где имя Афанасий было очень популярно. Сословно её носители могли быть как крестьянами, так и мещанами — фамилия образована по простой патронимической модели, без дворянских суффиксов (-ский). В написании фамилия устойчива: вариант через «е» (Афенькин) закрепился, хотя в старых документах могла встречаться форма «Афинькин» — из-за акающего произношения.

Для этимолога эта фамилия интересна тем, что сохранила редкий уменьшительный суффикс -еньк-, который в фамилиях встречается нечасто (обычно -ин или -ов). По сути, Афенькин — живое свидетельство того, как в народной речи имя Афанасий прошло двойную обработку: сначала сократилось до Афеня, а потом получило ласкательный суффикс, застывший в фамилии на века.