Фамилия Афоин — редкий и нестандартный вариант в ряду многочисленных «афанасьевских» фамилий. Её основа — народная форма крестильного имени Афанасий, которое в быту звучало как Афоня. Само имя Афанасий греческого происхождения (Athanasios) и означает «бессмертный». В разговорной речи оно дало целое гнездо фамилий: привычные Афонин, Афанасьев, Афонькин, Афоничев — и вот этот необычный Афоин.

Ключевая особенность фамилии — в её словообразовании. Обычно суффикс -ин присоединяют к основам, оканчивающимся на -а или -я: от Афони получается Афонин. Но здесь суффикс добавлен к основе на -о, что для русской модели нетипично. Вместо ожидаемого Афонин мы видим Афоин. Такое упрощение могло возникнуть из-за диалектного произношения в северных и сибирских говорах, где звуки часто редуцировались, или из-за ошибки писаря, который записал фамилию на слух, «проглотив» один звук.

По своей сути фамилия Афоин — это типичное «отчество в притяжательной форме»: Афоин сын, то есть сын Афони. Такие фамилии на -ин от уменьшительных имён широко распространились в XVI–XVII веках среди крестьян и посадских людей, особенно на севере и в центральной России. В дворянской соде предпочитали полные варианты на -ов или -ский. Встречаемость фамилии невелика, и её географическое ядро, по данным современных переписей, тяготеет к Тверской и Псковской областям, что подтверждает северо-западные корни.

Существует гипотеза о возможном топонимическом происхождении фамилии — от названия села или речки с корнем «Афо-», но эта версия менее вероятна, так как не зафиксирована в ономастических справочниках. Основной и надёжный путь — через имя Афанасий, которое в крестьянской среде давалось часто, и его производные дали десятки фамилий, где Афоин — один из самых компактных и нестандартных по написанию.