Фамилия Афтайкин — редкая, и её разговорная форма сразу выдаёт народное, не книжное происхождение. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Афтайкин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Афтайка. Основа здесь — Афтай, и это ключ к разгадке.

Скорее всего, Афтай — это просторечная, обиходная форма крестильного имени Афанасий. В русских говорах имя Афанасий нередко сокращали до Афоня, Афона, а в некоторых регионах — до Афтай. Механизм простой: от «Афанасий» через «Афана» возникло «Афтай» (с добавлением типичного для народной речи окончания -ай). Фамилии на -айкин (Афтайкин, Абайкин, Мамайкин) как раз характерны для северных и центральных областей России, где такие усечённые формы имён были в ходу.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище Афтай от тюркского слова «афтай», что в некоторых диалектах означает «счастливый» или «удачливый». Однако для русской фамилии с суффиксом -ин это нетипично, и без документальных подтверждений (например, записи в переписных книгах XVI–XVII веков) эта гипотеза остаётся слабой.

В сословном плане Афтайкины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, а её «уличный», разговорный суффикс указывает на среду, где фамилии закреплялись стихийно, по отцу или деду, без участия приказных чиновников. Географически фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её связь с именем Афанасий — распространённым у староверов и крестьян этих регионов.

Таким образом, Афтайкин — это фамилия-патроним, образованная от народной формы имени Афанасий. Носители этой фамилии могут считать себя потомками человека, которого в быту звали не полным именем, а коротко и по-свойски — Афтай.