Фамилия Афайкина — женская форма фамилии Афайкин, которая образована от мужского личного имени или прозвища Афайка. В основе скорее всего лежит имя Афанасий, а точнее — его просторечная, обиходная форма. В русских говорах имя Афанасий сокращали до Афоня, Афона, а далее — до Афай, Афайка. Усечение с заменой «н» на «й» — типичный приём народной этимологии: так имя становилось короче и удобнее в быту. Суффикс -ка в данном случае не уменьшительно-ласкательный, а разговорный, указывающий на повседневное, «домашнее» имя.

По способу образования фамилия Афайкин — типичная «патронимическая»: суффикс -ин показывает принадлежность кому-то, то есть «сын Афайки» или «из семьи Афайки». Такие фамилии были широко распространены на севере и в центральных регионах России, особенно в крестьянской среде, где человека часто называли не по фамилии в современном смысле, а по имени отца или деда.

Географически фамилия встречается нечасто, но прослеживается в документах по Архангельской и Вологодской областям, а также в Поволжье. Встречается вариант написания Афайкина — с окончанием -а, указывающим на женщину. Мужская форма — Афайкин — зафиксирована в метрических книгах XIX века, например, в Кадниковском уезде Вологодской губернии.

Спорных версий происхождения две: от тюркского корня «афай» (в значении «защитник», «покровитель») или от канонического имени Евфимий (через форму Афимья). Однако первая версия маловероятна для центральной России, а вторая — натянута: переход от Евфимия к Афайке не объясняется простыми фонетическими правилами. Правдоподобнее всего связь именно с Афанасием.

Таким образом, предки носительницы фамилии Афайкина — скорее всего крестьяне или посадские люди из северных и центральных губерний, а сама фамилия — прямое указание на то, что родоначальника в быту звали Афайка, то есть попросту Афанасий.