Фамилия Афайкина — женская форма фамилии Афайкин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант, который указывает на родоначальника. В основе фамилии лежит мужское личное имя или прозвище Афайка. Чаще всего его выводят из просторечной, обиходной формы имени Афанасий. В русских говорах имя Афанасий сокращали до Афоня, Афона, а затем — до Афай, Афайка. Усечение с заменой «н» на «й» — типичный приём народной этимологии: так имя становилось короче и удобнее в быту. Суффикс -ка здесь не уменьшительно-ласкательный, а разговорный, указывающий на повседневное, «домашнее» имя.

По способу образования фамилия Афайкин — патронимическая. Суффикс -ин показывает принадлежность: «сын Афайки» или «из семьи Афайки». Такие фамилии были широко распространены на севере и в центральных регионах России, особенно в крестьянской среде, где человека часто называли не по фамилии в современном смысле, а по имени отца или деда.

Географически фамилия встречается нечасто, но прослеживается в документах по Архангельской и Вологодской областям, а также в Поволжье. Мужская форма — Афайкин — зафиксирована в метрических книгах XIX века, например, в Кадниковском уезде Вологодской губернии. Встречается вариант написания Афайкина — с окончанием -а, указывающим на женщину.

Существуют две спорные версии происхождения: от тюркского корня «афай» (в значении «защитник», «покровитель») или от канонического имени Евфимий (через форму Афимья). Первая версия маловероятна для центральной России, вторая — натянута: переход от Евфимия к Афайке не объясняется простыми фонетическими правилами. Правдоподобнее всего связь именно с Афанасием.

Таким образом, предки носительницы фамилии Афайкина — скорее всего крестьяне или посадские люди из северных и центральных губерний. Сама фамилия — прямое указание на то, что родоначальника в быту звали Афайка, то есть попросту Афанасий.