Фамилия Афтенко звучит на украинский лад: суффикс -енко указывает на происхождение с территории современной Украины, где такие фамилии в XVI–XVII веках массово давали детям по отцу. «Афтенко» буквально означает «маленький Афт» или «сын Афта», где Афт — вероятно, прозвище или сокращённая форма крестильного имени.

Самая очевидная версия — основа восходит к имени Евтихий (греческое «счастливый, удачливый»). В народном произношении это имя звучало как Афтей, Афтюха, Афтёнок, а от последнего и пошла фамилия Афтенко. Схожие модели есть у фамилий Афтюхов, Афтёнков — они все из одного гнезда. Менее вероятна связь с греческим словом «афтос» (сам, собственный) или тюркским корнем, так как ареал фамилии — преимущественно южнорусские и украинские земли, где православные имена были основным источником.

Встречаемость фамилии невысокая, сосредоточена в Сумской, Полтавской и Харьковской областях, а также в приграничных районах России. Носители фамилии в XIX веке чаще всего были крестьянами или казаками, поскольку -енко — типичный казацкий суффикс. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её простонародное происхождение.

Если отбросить гипотезы, остаётся главное: Афтенко — это «потомок счастливого человека», ведь имя Евтихий в народе осмыслялось как «везучий». Так что предки носителя фамилии, скорее всего, были людьми с удачливым прозвищем, которое закрепилось за родом.