Фамилия Афтногенов — редкий случай, когда написание напрямую указывает на ошибку или диалектное произношение, закрепившееся в документе. Перед нами не что иное, как искажённая форма фамилии Автоногенов или, что вероятнее, Автономов. Исходное имя — Автоном (от греческого «autonomos» — «самозаконный», «независимый»). В народной речи это имя часто звучало как «Афтоном», отсюда и форма с «ф» вместо «в», и неожиданное «г» в середине. Так что корень здесь — каноническое имя Автоном, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Автонома».

Словообразовательная модель типична для русских фамилий XIX века: к основе имени (в её просторечном варианте) добавили патронимический суффикс. Но если бы имя произносили правильно, мы бы имели фамилию Автономов — она встречается, но гораздо реже, чем Автономов с ударением на второй слог. Афтногенов же — это «народная этимология» в чистом виде: человек, записывавший фамилию, мог не знать греческого имени и «подогнал» звучание под что-то знакомое, например, под слово «ген» или фамилию Афонасьев.

Географически такая фамилия скорее всего бытовала в среде крестьян или мещан центральных и южных губерний России, где грамотность была низкой, а паспортные записи делали со слов. Носители фамилии — потомки человека по имени Автоном, которого в быту звали Афтногеном. Никакого отношения к древнегреческим корням или дворянским родам эта фамилия не имеет: это чистый пример того, как живой язык и канцелярская ошибка создали новую фамилию, оторванную от первоначального смысла.

Единственная альтернативная версия — связь с прозвищем от диалектного слова «афтноген» (нечто вроде «афтоног» — самонадеянный человек), но она не подкреплена словарями и выглядит натянутой. Правдоподобнее считать, что Афтногенов — это просто «испорченный» Автономов, и искать корни в церковном имени Автоном, которое давали при крещении.