Фамилия Афиногенов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Афиногенов послужило церковное имя Афиноген. Крестильное мужское имя Афиноген в переводе с греческого означает «потомок богини Афины». Одним из покровителей имени считается священномученик Афиноген. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Афиноген, со временем получил фамилию Афиногенов. О точном месте и времени возникновения фамилии Афиногенов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Афиногенов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.