Фамилия Афиногенов — одна из тех, что образована напрямую от полной формы крестильного имени, без промежуточных прозвищ и уменьшительных форм. В основе лежит мужское имя Афиноген, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. В переводе с греческого оно означает «потомок богини Афины»: первая часть восходит к имени богини Афины, вторая — к слову «генос» (род, происхождение). Имя редкое, книжное, в святцах оно связано со священномучеником Афиногеном, епископом, пострадавшим за веру в начале IV века.

Модель образования фамилии проста и типична для русского ономастикона: к основе имени Афиноген добавили патронимический суффикс -ов. Такая модель в XV–XVII веках стала господствующей в центральных русских землях. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Афиногенов — это «сын Афиногена», «потомок того, кого звали Афиноген». Важно, что фамилия не сократилась до просторечных форм вроде Афиногенкин или Афиношин, а сохранила полное звучание имени — это говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, принадлежали к грамотной среде, где имя употреблялось строго по церковным канонам.

География фамилии неоднородна. Афиногеновы встречаются в разных регионах, но заметный след оставили в среде русского духовенства и купечества. В XIX веке фамилия фиксируется в документах по Вологодской, Костромской и Ярославской губерниям. Именно в этих краях, где было много старообрядческих общин и крепких церковных приходов, редкие календарные имена приживались лучше, чем в южнорусских областях, где их часто заменяли народными вариантами.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт интересную картину. От того же имени образованы Афиногеновский (с суффиксом -ский, характерным для польской и украинской шляхты, а также для семинарских фамилий) и Финогенов — народная, «облегчённая» версия, где исчез начальный слог «Афи-». Встречается и написание Афеногенов, но оно ошибочное, возникшее из-за неверного прочтения церковнославянского текста. Если ваши предки писались именно через «и» — Афиногеновы, — это указывает на то, что фамилия закрепилась в письменном виде раньше, чем произошла редукция безударных гласных в живой речи.

О точном времени возникновения фамилии Афиногенов говорить сложно — процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий. Однако можно уверенно сказать, что окончательно она оформилась не позднее XVII века, когда фамилии на -ов стали наследственными и перестали меняться от поколения к поколению.