Фамилия Афиногентов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Афиногентов послужило церковное имя Афиноген. В основе фамилии Афиногентов лежит крестильное имя Афиноген (в переводе с греческого – «потомок богини Афины»). Основой же для фамилии послужила его просторечная форма Афиногент. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Афиноген, со временем получил фамилию Афиногентов. О точном месте и времени возникновения фамилии Афиногентов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Афиногентов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.