Фамилия Афиногентов — одна из тех, что хранят память о редком, но звучном крестильном имени. В её основе лежит имя Афиноген, которое пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка. Переводится оно как «потомок богини Афины», что сразу выделяет его среди множества других календарных имён: в греческой мифологии Афина — богиня мудрости и войны, покровительница ремёсел, поэтому имя можно трактовать как «рождённый от мудрости».

Интересно, что фамилия образована не от полной церковной формы имени, а от её просторечного варианта — Афиногент. В бытовой речи «т» на конце появлялось не случайно: так было проще произносить имя, и подобные изменения встречаются во многих русских фамилиях (сравните: Евгений — Евгентов, Валентин — Валентинов). Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную модель притяжательности: Афиногентов буквально означает «сын Афиногента» или «потомок Афиногена».

Сам по себе суффикс -ов — самый распространённый в русской фамильной системе, он характерен для фамилий, образованных от имён, прозвищ или названий профессий, оканчивающихся на твёрдый согласный. Поэтому фамилия Афиногентов вписана в обширный пласт русских родовых имён, но при этом стоит особняком из-за редкости исходного имени. Афиноген — имя нечастое, в святцах оно встречается, но массового распространения, как, скажем, Иван или Пётр, не получило. Соответственно, и носителей фамилии Афиногентов относительно немного, что делает её своеобразным маркером: если вы встретили Афиногентова, перед вами, вероятно, потомок человека, носившего редкое имя, возможно, из духовного сословия или старообрядческой среды, где часто сохраняли менее употребительные календарные имена.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и окончательно они закрепились лишь к XIX веку. Однако можно предположить, что Афиногентовы могли происходить из центральных или северных губерний России, где традиция крестить детей в честь малоизвестных святых держалась дольше. Фамилия не получила широкой дворянской или купеческой «раскрутки», поэтому её носители — это скорее люди из крестьянской или мещанской среды, где имя передавалось по семейной памяти, а не по моде.